La batalla comienza con un bloqueo rutinario sobre el mundo cristalino de Christophsis. El almirante Trench comanda desde el Invencible, pero Rain se impacienta bajo su cautela y propone un movimiento de pinza para sacar a la flota de tareas de la República que se esconde detrás de la luna. Trench se niega, luego aparece una nave camuflada y lanza torpedos al puente de la nave insignia. Trench queda incapacitado y Rain recibe los códigos de mando de la flota. Aprovecha el momento, reorganizando la caótica flota separatista en una fuerza de combate. Utiliza el fuego ventral único de los Munificentes para explotar el punto ciego de los Venator, atrayendo a los cruceros de Obi-Wan Kenobi a una trampa. La República pierde dos Venator, el Dauntless y el Resolute, en una brutal demostración de ingenio táctico. Rain rescata a los supervivientes clon, citando el Código de Yavin, y consolida su reputación como un comandante que valora tanto la victoria como la humanidad. La batalla termina con Christophsis asegurada para los separatistas, pero Rain sabe que ha hecho enemigos y aliados en igual medida.

Rain es reasignado a una operación encubierta con Asajj Ventress, tasked con secuestrar al hijo de Jabba el Hutt, Rotta, para culpar a los Jedi. La misión sale mal cuando Luminara Unduli llega con una fuerza abrumadora. Rain ejecuta una audaz maniobra de doble asistencia gravitacional para emboscar a la flota de la República, sacrificando dos de sus fragatas para ganar tiempo. Ventress lucha contra la Jedi en tierra pero finalmente no logra asegurar al pequeño Hutt. Rain captura a la Padawan Barriss Offee y convence al general Tann de mantenerla viva como un activo de propaganda en lugar de convertirla al Lado Oscuro. La misión es un fracaso en su objetivo principal, pero Rain gana un prisionero valioso y la confianza de Sev'rance Tann. También gana el respeto a regañadientes de Ventress, aunque su odio hacia los Jedi sigue siendo un elemento volátil.

Mientras la República lanza la Operación Tridente, Rain trabaja para construir la Coalición Perlemiana, una alianza militar de mundos separatistas. Utiliza el juego de guerra ARENA para identificar oficiales confiables y forjar lazos. chantajea a Calli Trilm, descubre las comunicaciones traicioneras de Dooku con Coruscant y manipula al Senado Separatista para bloquear al nominado de Dooku para Comandante Supremo, el general Grievous. La votación falla por cinco votos, ganando tiempo para el regreso de Tann. Las maquinaciones políticas de Rain lo ponen directamente en la mira de Dooku, pero ha construido una base de poder que no puede ser fácilmente aplastada. La Coalición ahora controla cientos de naves de guerra y los votos clave en el Senado. Rain ya no es solo un capitán; es un señor de la guerra en todo menos en el nombre.

La República converge en Columex con dos acorazados estelares y más de dos mil naves de guerra. Rain despliega su arma definitiva: asteroides disparados desde cargueros civiles usando haces de tracción, convirtiéndolos en vehículos de destrucción cinética. Los primeros disparos devastan la Flota Cuirassada Blanca. Pero la batalla se vuelve desesperada cuando el Orgullo del Núcleo salta directamente sobre la flota de Rain, destrozando la Mano Blanca. Barriss Offee, ahora en una nave separatista, presencia la masacre y lucha con sus enseñanzas Jedi. Sev'rance Tann llega con la Segunda Flota, abordando el Orgullo con tanques Decimator. El almirante Trench trae la Cuarta Flota y un dreadnought separatista. La República es derrotada, pero la victoria es pírrica. El cañón de asteroides de Rain casi falla y el costo en vidas es escalofriante. La batalla termina con los separatistas controlando Columex, pero la guerra está lejos de terminar.